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1956年馬祖成立戰地政務委員會後，教育經費除由地方籌援外，尚賴中央及中國大陸災胞救濟總會馬祖辦事處等單位補助。 依據馬祖日報1965年10月26日報導，形容「中國大陸災胞救濟總會」為促進馬祖進步力量的主流，自1961年（民國50年）至1965年，對馬祖地區提供的物資援助已逾兩千五百萬元，其中在教育面向的資助，包含：「獎助清寒學生，促進戰地教育文化發展。每年撥發馬祖中學清寒學生獎助金一百三十五名，每人每月獎助兩百元，解決貧困子弟就學問題，並自五十二學年度起，保送馬中優秀畢業生赴台升學，並予津貼，目前由救總保送到各師範與職校升學者共十五名。救總近年協助發展馬祖地區小學教育不遺餘力，各國校學童制服、教具、校舍興建等均由救總資助。」 1968年開始實施國民義務教育後，所需國中創校經費主要由中央補助，部分由地方政府負擔。1980年代初期，每年約有7、8千萬中央對馬祖地區教育的補助，救總及鄉公所補助則偏向清寒獎學金，交由文教科統一分配各校。 值得一提的是，自戰地政務實驗實施起迄1992年停止的三十多年間，救總未曾停止過對馬祖地區的教育獎助金等補助，嘉惠地方甚鉅。